植保学院的前身是1960年设于原农学系的植物保护专业，1973年独立建系。学院先后创设农业环境保护专业(环境工程专业)、应用微生物专业(生物技术专业)、环境科学专业、生态学专业、动植物检疫专业。2004年经学校院系、学科调整后更名为植物保护学院。
学院现有植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学3个省级重点学科、安徽省农产品安全重点实验室和安徽省植保技术培训中心，拥有农业昆虫与害虫防治、作物安全博士学位授权点，植物病理学、农业昆虫与害虫防治学、农药学3个二级学科硕士学位授权点，植物保护学一级学科硕士授权点、植物保护和动植物检疫2个本科专业和应用微生物与昆虫资源利用2个研究所，一个本科实验教学中心，在读研究生60余人、本科生700多人。独立建系以来共为社会培养硕士研究生200余人、本专科生4000余人。学院现有教职工36人，其中教授7人，副教授及其它副高职称16人，博士及博士在读16人，博士生导师2人，省跨世纪学科带头人4人，省高校中青年学科带头人4 人，省拔尖人才1人，教育部和省级骨干教师2 人，省模范教师、省优秀教师、省师德先进个人3人。学院学术气氛浓厚，近年来承担国家和省级科研项目 30余项，获省部级奖励 5 项，出版专著教材30余部，发表学术论文近300篇。本科教学具有优势和特色，获省级教学成果2项，主干课程均为省级精品课程。先后邀请国外专家18人次、国内著名专家、院士16人次来院开展学术交流活动，并先后派出教师10余人次出国访问、进修、60余人次参加国内外学术会议。
学院党建工作近年来取得优异成绩，先后被省委、组织部、宣传部、教育工委和校党委授予先进基层党组织荣誉称号，多人荣获优秀党员、优秀党务工作者称号。学院学生工作成效明显，丰富多彩的文体活动陶冶学生的情操，扎实浓郁的学术氛围夯实学生的知识，连续三年荣获省级大学生社会实践先进集体，并多次获省级、校级奖励。学院注重学生综合素质的提高，在高校就业竞争日益激烈的情况下，近年来植保专业毕业生的考研率均位居学校首位，2006年考研录取率达 50%，就业率一直位居学校前列。
学院坚持研究教学型的办学定位，秉承严谨、求实的学风，团结、创新的作风，努力彰显我校传统学科的优势与特色。
